Pues hombre Josué, has ido a poner el ejemplo más fácil que existe para explicar lo complicado que puede llegar a ser esto de la nomenclatura.
Boletus pinicola (Vittad.) A. Venturi (1863) es un nombre inválido para referirse a los "boletus". ¿Por qué? Pues porque ese nombre ya existía desde que en 1810 Swart lo usó para referirse a lo que ahora conocemos como Fomitopsis pinicola, del que de hecho es su basiónimo, es decir, se le considera como el primer nombre fiable de esa especie en la historia.
Debido a ello, por estar cogido y porque no puede haber un mismo nombre para dos setas, hubo que cambiarle el nombre a los "boletus", que se habían "descubierto" después, y pasó muuuuucho tiempo hasta que alguien se dio cuenta de este problema, se propuso y ahora está ampliamente aceptado (1973).
Si alguien por el monte dice: estoy cogiendo Boletus pinicola, que sepa que científicamente está diciendo que está cogiendo Fomitopsis pinicola.
De verdad que estoy de acuerdo con que hay mucho figura que quiere aparecer detrás del nombre de una seta, incluso muchos de los nuevos cambios derivados de la molecular creo que están motivados por la necesidad de publicar si o si cuando estás en la Universidad (si no publicas no te asignan más dinero y corres el riesgo de que te laminen); pero es tan variada la casuística por la cual se cambian los nombres, decenas de posibilidades bien argumentadas en base al Código Internacional de Nomenclatura Botánica, que creo que son defendibles y hasta obligadas. Que jode un montón, a mi el primero, peeeeero....es lo que hay. Hablo del cambio de "apellido" ojo; lo que ahora se está produciendo es un boom en el cambio genérico, y ahí no interviene tanto el CINB sino el criterio científico de cada cual, con el que se puede estar de acuerdo o no.
En cuanto a lo de conservar nombres antiguos como prioritarios, se puede hacer, existe la figura de Nomina conservanda; pero es poco usada ya que el cuorum para mantener nombres antiguos debe ser elevado.
Un saludo