Hola José Antonio.
Antes de nada he de comentarte que soy un aficionado amateur por completo, y no tengo microscópio (lo considero un capricho algo caro, y hay otras prioridades), y tampoco pertenezco a ninguna entidad en la cual pudiera tener acceso y utilizarlo.
Dicho eso, hay que diferenciar entre las guías micológicas convencionales (abarcan gran número de géneros y van destinadas al público en general, por lo que rara vez traen datos de microscopía) y la bibliografía más o menos especializada por géneros o por órdenes (destinada a un público más especializado o profesional, que lógicamente traen todo lujo de detalles y suelen costar un ojo de la cara).
En este segundo caso conozco varias publicaciones que suelen ser muy nombradas o se encuentran fácilmente mediante buscadores (tampoco conozco tantas así que seguramente me deje algunas en el tintero):
De Roberto Galli hay varias (para el género Tricholoma, Amanita, Russula y Boletus).
Luego están los volúmenes de Fungi Europaei (Boletus, Hygrophorus, Agaricus, Entoloma, Tricholoma, Lepiota, etc).
Para Mycena hay uno muy bueno de un tal Giovanni Robich.
Para Gasterales, conozco el "Clé des gasteromycete épigés d'europe".
A nivel español tenemos buenas monografias (que recuerde):
- El género Russula en la península ibérica de Carlos Monedero
- Guía de los Boletus de España y Portugal de Augusto Calzada
En la página de Rizo azul puedes encontrar algunas más.
Para salir del paso y para según qué géneros, se puede contar con los pdfs de Alain Gerault. Son gratuitos pero no tienen ilustraciones y suele faltar alguna que otra especie o variedad.
Saludos